银行的协定存款和协议存款是两种常见的存款方式，它们在诸多方面存在区别。

首先，从定义和适用对象来看。协定存款是指客户通过与银行签订协定存款合同，约定结算账户的留存额度，超过留存额度的部分资金自动转为协定存款。协定存款通常适用于企业客户，尤其是资金流动较为频繁、规模较大的企业。而协议存款则是指商业银行根据中国人民银行或中国银行业监督管理委员会的规定，针对部分特殊性质的资金办理的存款业务，其适用对象通常为保险公司、社保基金、邮政储蓄银行等特定机构。

其次，在利率方面。协定存款的利率通常高于活期存款利率，但低于定期存款利率。协议存款的利率则由双方协商确定，一般会高于同期定期存款利率。

再者，存款期限和支取方式也有所不同。协定存款没有固定的存款期限，只要客户的结算账户余额高于留存额度，超出部分就按照协定存款利率计息。支取时相对灵活，可随时支取。协议存款通常有固定的存款期限，如 3 年、5 年等。支取方式相对较为严格，可能需要提前通知银行，并且在某些情况下可能会受到一定的限制。

此外，办理流程和要求也存在差异。协定存款的办理流程相对较为简单，企业客户与银行签订合同即可。协议存款的办理则需要符合相关监管规定和银行的特定要求，手续相对复杂。

下面通过一个表格来更清晰地对比两者的区别：

总之，企业和机构在选择存款方式时，应根据自身的资金状况、资金使用计划以及对收益和流动性的需求，综合考虑协定存款和协议存款的特点，做出合理的选择。